马克思主义学院前身为中国人民解放军第一军医大学（含南校区）政治理论教研室（对外称人文社科教研部）。2004年8月随学校整体转制，更名为南方医科大学人文社会科学学院，2005年6月，成立思想政治理论课教学部，2008年7月，独立设置为马克思主义学院。曾被解放军总政治部评为全军教书育人先进单位，2次荣立集体三等功，多次被评为学校标兵单位或先进集体。

学院内设的行政、教学和科研机构有：党政办、教研办；思想道德修养与法律基础教研室、马克思主义基本原理教研室、中国近现代史纲要教研室、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研室、形势与政策教研室、研究生思想政治理论课教研室；马克思主义研究院（未展开）和马克思主义哲学研究中心、中国化马克思主义研究中心、思想政治教育研究中心、医学/生命伦理研究中心、中华人民共和国国史研究中心。学院目前尚未开设本专科专业，主要承担全校博士生、硕士生、本专科生和成人教育等各层次各专业的思想政治理论课教学与课程建设、马克思主义理论学科建设与学术研究、部分人文社会科学课程的教学科研和硕士研究生培养等任务。

学院现有专任教师36名，其中正副教授16人，硕士生导师6人，具有博士、硕士学位的教师达89%。拥有全军和总后优秀教师8人，全军育才奖金奖2人、银奖3人，南粤优秀教师2人，广东省高校思政课教学指导委员会副主任委员1人、委员1人，广东省高校思政课名教师1人、骨干教师培养对象1人，广东省宣传思想战线优秀人才“十百千工程”培养对象3人，校级教学名师4人。学院教师还兼任广东省马克思主义学会、社会学学会、哲学学会、中共党史学会、精神文明学会、科学社会主义学会副会长、常务理事等学术职务。学院聘请了郑永廷、杨瑞森、邵维正、秦宣、陈金龙、周溯源、柳礼泉等国内知名专家为客座教授。近年来，学院教师承担和参与国家、军队和省部级科研课题36项，教学改革课题18项，获各类科研奖励33项。在《求是》杂志、《哲学研究》、《马克思主义研究》、《党建研究》、《光明日报》等权威和一般刊物发表论文536篇，出版学术理论著作和辅助教材18部。

学院开设的主要课程有：《思想道德修养与法律基础》、《马克思主义基本原理概论》、《中国近现代史纲要》、《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》、《形势与政策》、《医学伦理学》、《自然辩证法概论》、《科学社会主义理论与实践》、《现代科技革命与马克思主义》、《当代世界政治与经济》等10门核心课程和20余门选修课程。学院高度重视教学改革和课程质量建设，创建的“三个代表”“三进入”模式，分别被《求是》杂志、《光明日报》、《解放军报》等报刊宣传和推介。先后获得全军优秀教学成果一等奖2项，三等奖1项；获教育部全国高校思政课“精彩课件”、“精彩教案”奖各2项；拥有1门省级精品课，4门省级优质建设课，5门校级精品课程；拥有广东省高校“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”教学研究基地；在2008年广东省思想政治理论课建设评估中获得优秀佳绩。

学院拥有马克思主义理论一级学科硕士学位授予权。涵盖马克思主义理论一级学科属下六个二级学科：马克思主义基本原理、马克思主义发展史、马克思主义中国化研究、国外马克思主义研究、思想政治教育、中国近现代基本问题研究。2006年开始招收马克思主义中国化研究专业全日制硕士研究生，根据社会的需求和学院的实际，其它五个二级学科将逐步展开招收相关专业的硕士研究生。我院马克思主义理论一级学科硕士点的培养目标，主要是培养德智体美全面发展、政治素质高、理论方向正确、具有系统的马克思主义素养和理论功底，具有坚定的马克思主义信仰和社会主义信念，树立建设中国特色社会主义的共同理想，能够运用马克思主义的立场、观点和方法分析研究当代现实问题，了解本学科的最新动态，能够担任与本学科相关的科学研究、高等教育和党政、宣传工作的专业人才。